A partir de 2013 a UNEMAT aderiu integralmente ao SiSU – Sistema de Seleção Unificada do MEC, baseado nas notas do Exame Nacional do Ensino Médio – Enem, em substituição ao vestibular do primeiro semestre. Portanto, as vagas dos cursos de graduação presenciais da Instituição são preenchidas pelos candidatos do SiSU com 100% no primeiro semestre. As vagas do segundo semestre ainda são preenchidas pelos candidatos do Concurso Vestibular realizado pela COVEST.

As vagas no ensino superior oferecidas pela Unemat estão distribuídas em 11 campi da instituição e em 49 cursos regulares. Para ingresso na universidade por meio do SiSU o estudante pode optar pelo ingresso por meio de ampla concorrência ou em programas de ações afirmativas, já que 50% das vagas da instituição são para estudantes oriundos de escolas públicas, 25% para candidatos que se auto-declaram negros ou pardos e 25% para ampla concorrência.